3. การติดเชื้อระยะยาวหรือถาวร (persistent infection) คือเมื่อติดเชื้อไวรัสดังกล่าวแล้ว ร่างกายไม่สามารถกำจัดเชื้อออกได้ ไวรัสจะแฝงตัวอยู่ในเซลล์บางอย่างของผู้ป่วยไปตลอด ในกรณีนี้ ไวรัสบางชนิดอาจทำให้เกิดการดำเนินของโรคไปเรื่อยๆ อย่างช้าๆ เช่น ไวรัสเอดส์ ค่อยๆ ทำลายภูมิคุ้มกันของร่างกาย หรือไวรัสตับอักเสบบีหรือไวรัสตับอักเสบซี อาจทำให้เกิดตับอักเสบเรื้อรังในผู้ป่วยบางราย จนสุดท้ายแล้วบางรายอาจเกิดโรคตับแข็ง (cirrhosis) และบางรายเกิดมะเร็งในตับ (hepatocellular carcinoma) ส่วนไวรัสบางตัว มักจะแฝงตัวอยู่เฉยๆ ไม่แสดงอาการทางคลินิกที่ชัดเจน ในประชากรส่วนใหญ่ แต่ในผู้ที่ติดเชื้อบางราย (ซึ่งพบได้น้อยมาก) อาจเกิดอาการทางคลินิกจากการติดเชื้อหรือจากการกำเริบ (reactivation) ของเชื้อที่ซ่อนอยู่ได้เป็นครั้งคราว เช่น ไวรัสในกลุ่มเฮอร์ปีส์หลายตัว (เช่น Herpes simplex, Varicella zoster virus, Epstein-Barr virus, Human herpes virus 6) เป็นต้น ซึ่งสำหรับไวรัสกลุ่มนี้ การตรวจหาแอนติบอดีในช่วงเวลาต่างๆ อาจพบระดับของ IgM และ IgG สูงขึ้นและต่ำลงเป็นช่วงๆ ได้ ซึ่งอาจเป็นหรือไม่เป็นสาเหตุโดยตรงกับความเจ็บป่วยในขณะนั้น จึงอาจก่อให้เกิดความ สับสนในการวินิจฉัยโรคได้ หากไม่เข้าใจข้อเท็จจริงดังกล่าว