พยาธิเข็มหมุด เป็นพยาธิตัวกลมที่มีขนาดเล็ก มองเห็นได้ด้วยตาเปล่า รูปร่างยาวเรียว ปลายหางแหลม สีขาว เมื่อเจริญเต็มที่ตัวเมียจะมีขนาดโดยเฉลี่ยยาว 10 มม. (8-13 มม.) และกว้าง 0.4 มม. (ตารางที่ 1) บริเวณส่วนหัวจะมีลักษณะจำเพาะของ cephalic alae ซึ่งเป็นส่วนแผ่ออกด้านข้างของ cuticle พยาธิเข็มหมุดจะมีหลอดอาหาร (esophagus) ยาวเรียวจากบริเวณปาก โดยที่ปลายอีกด้านจะเป็นกระเปาะ (esophageal bulb, bulbous esophagus) ซึ่งเห็นชัดผ่านผิวที่ค่อนข้างโปร่งใส (semitransparent cuticle) นอกจากนี้จะมี lateral alae ทางด้านข้างของลำตัว โดยยื่นออกเล็กน้อยจากตลอดสองข้างลำตัว เมื่อดูภาพตัดขวาง (cross section) จะเห็น lateral alae ชัดเจน

พยาธิเข็มหมุดตัวผู้ จะเล็กกว่าพยาธิตัวเมีย โดยตัวผู้จะมีขนาดเฉลี่ย 3 มม. (2-5 มม.) และกว้างเพียง 0.15-0.2 มม. ตามปกติตัวผู้จะมีอายุขัยสั้นมาก จึงมักตรวจไม่พบในอุจจาระ เนื่องจากมักตายหลังการผสมพันธุ์ (copulation) รูปร่างลักษณะโดยทั่วไปของพยาธิเข็มหมุดตัวผู้จะเหมือนพยาธิตัวเมีย ยกเว้นจะมีบริเวณหางที่โค้งงอ  (curled tail) และมี spicule 1 อัน
ไข่ของพยาธิเข็มหมุดมีลักษณะรี ขนาด 50-60 x 20-30  ไมครอน โดยที่ด้านหนึ่งจะค่อนข้างแบน เป็นแบบ planoconvex คล้ายรูปตัว "D" ค่อนข้างใส โดยที่เปลือกไข่จะค่อนข้างหนา ไข่ที่ปนมากับอุจจาระ ภายในจะมีตัวอ่อนที่ยังไม่พัฒนาเต็มที่ เมื่อออกมาแล้วประมาณ 4-6 ชั่วโมง ตัวอ่อนภายในไข่จะเจริญจนเป็นไข่ระยะติดต่อ ลักษณะตัวอ่อนที่เห็นภายในไข่ มีลักษณะเป็น "tadpole" ไข่นี้จะอยู่ได้นานกว่าสัปดาห์

ตารางที่ 1 ลักษณะรูปร่างของพยาธิเข็มหมุด (Enterobius vermicularis) ตัวเมียเปรียบเทียบกับตัวผู้