ความผิดปกติที่เกิดจากการขาด complement จะทำให้เกิดการติดเชื้อบ่อย และ/หรือ autoimmune disease เนื่องจาก complement มีความสำคัญในการช่วยทำลายเชื้อโรค โดยการช่วยในกระบวนการ phagocytosis และ bacterial lysis การขาด complement ตัวต้นๆ มักไม่ค่อยทำให้เกิดการติดเชื้อบ่อย เนื่องจาก mannan binding lectin pathway และ alternative pathway สามารถชดเชยการทำงานของ complement เหล่านี้ได้ โดย bypass ไปที่ C3 เลย ทำให้กระบวนการยังดำเนินต่อไปได้ แต่ผู้ที่ขาด complement โดยเฉพาะ complement ตัวแรกๆ ใน pathway จะมีโอกาสเกิด autoimmune บ่อยขึ้นเนื่องจากนอกจาก complement เหล่านี้ ช่วยในการกำจัด immune complex
โรคภูมิคุ้มกันบกพร่องชนิดปฐมภูมิที่เกิดจากการขาด complement พบได้น้อย อย่างไรก็ตามต้องนึกถึงโรคนี้ในผู้ป่วยที่ติดเชื้อจำพวก bacteria แบบรุนแรงหรือติดเชื้อกลุ่ม Neisseria ซ้ำๆ(รูปที่ 19)