เนื่องจากกลุ่มยีนบน HLA complex เรียงอยู่บนบริเวณที่ใกล้ชิดกันมาก จนการเกิด recombination ระหว่างยีน บน chromosome เดียวกัน ในช่วง meiotic division เกิดขึ้นน้อยมาก ดังนั้นกลุ่มยีนนี้ จึงมักจะถ่ายทอดจากพ่อแม่ไปยังบุตร ไปพร้อมกันทั้งบริเวณ เราเรียก Genetic unit ซึ่งถูกถ่ายทอดไปด้วยกันบนแต่ละโครโมโซมว่า "HLA haplotype" โดยจะประกอบด้วย HLA-A, -B -C และ -D loci รูปแบบของยีนที่ต่างกันในแต่ละ locus เรียกว่า "allele" โดยทั่วไปยีนในแต่ละ locus อาจจะมีรูปแบบเดียว (monomorphic) หรือ หลายรูปแบบ (polymorphic) ลักษณะที่สำคัญ อย่างหนึ่งของ HLA gene คือ เป็นยีนที่มีปริมาณ alleles ในแต่ละ locus จำนวนมาก (highly polymorphic) ในแต่ละบุคคลจะได้รับการถ่ายทอดแต่ละ haplotype จากทางพ่อและแม่ HLA gene จากทั้ง 2 haplotype จะแสดงออกอย่างเท่าเทียมกัน (co-dominantly expression) HLA haplotype ทั้งสองที่ได้รับการถ่ายทอดมา จะประกอบกันเป็นลักษณะทางพันธุกรรมของ HLA ในบุคคลนั้นๆ เรียกว่า "HLA genotype" ส่วนลักษณะที่แสดงออกจริงเรียกว่า "HLA phenotype" ซึ่งคือ HLA molecules บนพี้นผิวเซลล์ โดยสามารถตรวจได้ด้วย Antibody ยกตัวอย่างเช่น แต่ละบุคคลจะมี HLA -A, -B, -C อย่างละ 2 โมเลกุล HLA-DR, -DQ, -DP อย่างน้อยอย่างละ 2 โมเลกุลเช่นกัน (รูปที่ 2)

หมายเหตุ: แต่ในบาง haplotype อาจมีจำนวน DR โมเลกุลได้มากกว่า 2 โมเลกุล