"กลุ่ม Class I" ประกอบด้วย ยีนสำคัญๆ 3 กลุ่ม ได้แก่ classical HLA class I ยีน (HLA-A, HLA-B, และ HLA -C) , non-classical HLA class I ยีน (HLA-E, HLA-F, และ HLA-G) และ class I chain related ยีน (MICA และ MICB)

"กลุ่ม Class II" ประกอบด้วย classical HLA class II ยีน (HLA-DR, HLA-DP, และ HLA-DQ) , non-classical HLA class II ยีน (HLA-DM และ HLA-DO ) (ถ้าศึกษารายละเอียดเพิ่มเติม จะพบว่า ยีนในกลุ่ม HLA-C นี้ยังประกอบไปด้วย locus สำหรับ a และ b chain ได้แก่ DRA, DRB, DQA, DQB, DPA, DPB locus เป็นต้น) นอกจากนี้ยังมี LMP และ TAP ยีนซึ่งเกี่ยวข้องกับกระบวนการ antigen processing

"กลุ่ม Class III" ประกอบด้วยยีนที่สร้างองค์ประกอบของระบบ complement (Bf, C2, C4A, C4B), tumor necrosis factor (TNF), และ Steroid 21-hydroxylase enzymes (21-OH) เป็นต้น

ในบทนี้จะกล่าวถึงรายละเอียดเฉพาะ "Classical HLA genes" นั่นคือ HLA-A, HLA-B, HLA-C genes ซึ่งจะควบคุม และกำหนดการสร้าง HLA class I molecule ที่พบอยู่บนพื้นผิวเซลล์ที่มีนิวเคลียส เกือบทุกชนิดในร่างกาย และ HLA -DR, HLA-DP, HLA-DQ genes ซึ่งควบคุม และกำหนดการสร้าง HLA class II molecule บนผิวเซลล์ของ Antigen presenting cell ต่างๆ ได้แก่ B lymphocyte, macrophage, และ dendritic cell รวมทั้ง บน activated T lymphccyte ด้วย